南京中医药大学现设13个学院；有8所附属医院；有教学医院20所，教学及毕业实习基地约100个；南京市鼓楼医院为学校中西医结合临床医学院。目前全校（不含附属医院）共有教授、研究员、主任医药师80人，副教授、副研究员、副主任医药师137人，讲师、助理研究员、主治医师、主管药师279人；博士生导师60人、硕士生导师150人。有中医学、中药学、中西医结合学3个博士后科研流动站，16个博士点和19个硕士点，研究生学位点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科；有3个七年制学、硕士连读专业，17个本科专业，30多个专业方向；现有各类在校生逾万人，其中研究生1000余人，各类留学生600余人。全校博士生就业率100%、硕士生就业率98%、本专科生就业率95%，大批毕业生已经成为国内外各级各类医疗机构、科研院所、医药院校、政府机构和著名企事业单位的中坚骨干。学校目前拥有国家级重点学科3个、部局级重点学科7个、省级重点学科3个，国家科技部规范化中药药理实验室1个、国家中医药管理局三级实验室3个和江苏省重点实验室1个。南京中医药大学自建校之初就开展外国留学生教育，对外开放程度很高。1994年与澳大利亚墨尔本皇家理工大学合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作开展中医学历教育之先河。学校还与澳门科技大学合作开办了中医学院、与美国南湾中医针灸大学联合培养中医学博士、与澳大利亚西悉尼大学合作开办国际贸易（电子商务）本科专业。目前学校与世界五大洲90多个国家和地区有着广泛的交流，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系。学校每年都有大批专家、学者应邀赴境外讲学、考察和进行科学研究，通过国际交流，弘扬中医药事业，扩大中医药在国际上的影响。
专业设置:
药学、药物制剂、针灸推拿学、市场营销、信息管理与信息系统、公共事业管理、国际经济与贸易、中医学、应用心理学、中药学、制药工程、中药资源与开发、护理学、英语、计算机科学与技术等。
