上海水产大学已经发展成为一所教育体系完备，学科门类齐全，办学特色鲜明，以水产、海洋、食品、渔业经济与渔业管理等学科为主，农、理、工、经、文、管等学科协调发展的多科性大学。学校现设有9个学院，5个研究中心。建有农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室、农业部冷库及制冷设备质量监督检验测试中心、农业部水产动植物病原库、另有农业部远洋渔业培训中心、中央农业干部教育培训中心上海水产大学分院和农业部渔政管理干部上海培训中心以及多个特色实验室。学校现有水产学博士后科研流动站1个，水产学一级学科博士学位授权点1个，水产养殖、捕捞学、渔业资源、水产品加工及贮藏工程、渔业经济与管理等6个二级学科博士学位授权点，23个硕士学位授权点（包括农业推广硕士专业学位授权点），同等学力申请硕士学位点7个，28个本科专业，8个高职专业；1个国家级重点学科，2个上海市教委重点学科，3个农业部重点学科，1个上海市教委E-研究院。2000年5月，经教育部批准，水产养殖学、生物科学、海洋渔业科学与技术、食品科学与工程、热能与动力工程、农林经济管理等6个专业被列为国家管理专业。学校现有教职工857名，教学科研人员567名，其中具有高级职称183名，教授41名，具有博士学位人员53名，在读博士学位人员41名，具有硕士学位人员264名。国务院学位委员会学科评议组成员1名，国家“百千万人才工程”入选者1名，国家级有突出贡献中青年专家2名，省部级有突出贡献的中青年专家3名，农业部第七届科技委成员4名。目前，在校本专科学生12856人，独立二级学院学生2588人；硕士生424人，博士生46人。学校占地面积52万平方米，教学行政用房总面积16万平方米，图书馆藏有以水产、海洋、食品为特色的纸质图书6854万册。
学校在鱼类学、水产养殖、水产动物种质资源、水产动植物病害防治、水产动植物苗种、水产动物生物技术、海洋生态、水生生物、水域环境、海洋渔业科学与技术、渔业工程、渔业资源、渔业管理、渔业经济、水产品加工与贮藏工程、食品科学与工程、制冷与低温工程、机械工程、渔业法规与政策、渔业经济等领域取得明显优势。
